La trayectoria de MIDE UC tiene sus inicios en la década de 1990 en la Escuela de Psicología de la Pontificia Universidad Católica de Chile, a partir del trabajo impulsado por proyectos vinculados a la medición educacional, como el SIMCE. Su formalización se concretó el 19 de octubre de 2005, con la creación del Centro de Medición, orientado a generar información válida y confiable para apoyar la toma de decisiones en educación y políticas públicas.
Desde sus inicios, el centro ha mantenido un vínculo con organismos públicos, en particular con el Ministerio de Educación, colaborando en iniciativas como la Asignación de Excelencia Pedagógica (AEP) y el desarrollo e implementación del Sistema de Evaluación Docente, establecido a comienzos de la década de 2000.
A lo largo de su trayectoria, MIDE UC ha ampliado sus líneas de trabajo mediante el desarrollo de instrumentos y sistemas de evaluación, entre ellos el Sistema de Evaluación de Progreso del Aprendizaje, SEPA, que ha aplicado más de 1,5 millones de pruebas en escolares chilenos, y la evaluación diagnóstica INICIA para egresados de pedagogía. Asimismo, ha participado en proyectos internacionales, como el Estudio Regional Comparativo y Explicativo liderado por UNESCO, contribuyendo a la evaluación de aprendizajes en países de América Latina y el Caribe.
Junto con su labor en evaluación, el Centro desarrolla actividades de formación y generación de conocimiento. A través de su área de formación continua, ha capacitado a más de 8.000 docentes, mientras que sus investigadores han producido una amplia cantidad de publicaciones y reportes técnicos en el ámbito de la medición y evaluación.